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Konpeki no Kantai est basé sur les dessins animés Deep Blue Fleet, qui sont basés sur les romans du même nom de Yoshio Aramaki. Le jeux suit la l'histoire de la série depuis le premier épisode. L'histoire se passe dans un univers alternatif, où nous suivons un personnage fictif inspiré d'un personnage réel, l'amiral Isoroku Yamamoto (1884 -1943), le commandant de la flotte Japonaise pendant la seconde guerre mondiale. En réalité, il a été tué par une attaque aérienne des forces Américaines. Néanmoins, dans la série (et le jeu), il est miraculeusement transporté à bord du Nisshin, peu après la battaille de Tshushima, en 1905. Après coup, il utilise ses connaissances du futur pour s'assurer que le Japon soit le pays le plus puissant du monde.
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