Il y a longtemps, bien avant que Sora ne soit choisi par sa Keyblade, la sérénité du monde reposait entre les mains de ceux que l'on nommait les Maître de la Keyblade. C'est sous la tutelle de l'un d'entre eux, Maître Eraqus, que Terra, Ventus et Aqua suivent un long et difficile entraînement pour prouver qu'ils sont eux aussi dignes de porter le symbole de Maîtrise. Alors qu'un autre Maître de la Keyblade, Xehanort, a mystérieusement disparu, ces trois jeunes gens seront bientôt impliqués dans une crise dépassant de loin les frontières de leur monde. Trois amis, trois volontés, un destin terrible et incertain qu'ils devront affronter.