Dans Hyper Duel, le joueur contrôle l'un des trois pilotes de "Buster Gears" : Keith Spader, Lisa Rowling ou le Dr. B. Lloyd, et doit détruire les forces extraterrestres. Les Buster Gears ressemblent à des vaisseaux spatiaux normaux mais ont deux modes, vaisseau spatial et robot, avec des modes de tir différents. Les vaisseaux peuvent également acquérir des unités d'aide supplémentaires en collectant les objets T ou G. L'arme peut être améliorée en collectant des objets P.
