Suite directe du Gunpey original sur le WonderSwan, Gunpey EX ajoute un certain nombre de nouveaux éléments au classique ; notamment la couleur. En plus de gagner des points pour avoir terminé une ligne sur le terrain, vous gagnerez désormais des points si ces lignes sont de la même couleur. Auparavant, seules les lignes grises étaient possibles, maintenant des lignes rouges, bleues et vertes apparaissent. Gunpey EX a les mêmes modes que le jeu précédent, à l'exception d'un mode histoire. Mode Time Attack où l'on doit éliminer autant de tuiles que possible en deux ou cinq minutes. Le mode sans fin donne au joueur un temps illimité pour lancer le score qu'il souhaite. Le mode Stage présente un nombre défini de tuiles à supprimer dans un temps donné. Le mode Puzzle met le joueur dans la situation de devoir supprimer un certain groupe de tuiles, le joueur peut changer la couleur des lignes ici lorsqu'il échange la position de ses tuiles. Un mode lien est disponible pour jouer contre un autre humain avec un WonderSwan et Gunpey EX. Ce jeu pouvait accéder à Internet via un téléphone sans fil et le WonderGate où il pouvait interagir avec un tableau des meilleurs scores en ligne.
