G.I. Joe : The Atlantis Factor est la suite de G.I. Joe : A Real American Hero sur Nes. Le commandant Cobra a survécu à la derniére confrontation et fait émerger l'ancien continent Atlantis qu'il utilise comme base. Avec une armée quasi indestructible et de puissantes armes spatiales, Cobra veut utiliser les pouvoirs des Atlantes depuis longtemps perdus dans le but de gouverner le monde.
