Le méchant Ecorori a kidnappé Omitsu ! C'est à Goemon et à son équipe de l'arrêter. Le jeu est extrêmement similaire à Ganbare Goemon 2 pour Super Famicom et à Goemon's Great Adventure / Mystical Ninja 2 : ce sont des jeux a scrolling ponctués de boss. Contrairement aux précédents jeux Goemon, qui utilisaient des sprites ou des modèles 3D pour les personnages, ceux-ci sont désormais conçus par pré-rendu CGI, ce qui leur confère un aspect ressemblant quasiment à de la vraie 3D. En outre, vous pourrez profiter de la tenue de Yae, tel qu'apparue pour la première fois dans Mononoke Suguroku.
