Dans Fray, les événements du jeu sont parallèles à ceux décrits dans les deuxièmes jeux Xak. Le joueur contrôle Fray, une jeune fille que Latok, le protagoniste de la série Xak, a sauvée lors des événements du premier jeu. Fray tombe amoureuse de Latok et décide de lui prouver qu'elle peut être plus qu'une demoiselle en détresse. Elle étudie la magie à l'université pendant trois ans et entame ensuite un long voyage pour retrouver Latok et l'aider dans sa lutte contre le mal. Pour combattre, Fray ne peut utiliser que son bâton, qui fonctionne comme une arme à distance, en lançant des projectiles. Fray reçoit des dégâts lorsqu'elle touche un ennemi ou qu'elle est touchée par son projectile. Fray visite des villes sur son chemin, où elle peut acheter des armes, des armures, des potions et des sorts magiques.
