"Eve Zero" est une préquelle du célèbre jeu d'aventure policière Eve Burst Error. Vous incarnez à nouveau les deux héros principaux de la série : le détective privé Kojirou Amagi, plein d'esprit et coureur de jupons, et la belle agente secrète aux cheveux roux Marina Houjou. Les événements du jeu se déroulent peu de temps avant ceux de "Eve Burst Error". Kojirou travaille au bureau de détectives de Katsuragi avec sa petite amie Yayoi. Le Dr Nishina, à la tête d'un centre de recherche génétique, engage Kojirou pour enquêter sur la disparition de son fils Shin. Au même moment, Marina reçoit une mission de son patron Kouno, qui consiste à surveiller un représentant d'une entreprise américaine. Comme dans tous les jeux EVE, les deux histoires semblent sans rapport au début et sont progressivement liées plus tard dans le jeu.
