Darius II se situe quelque temps après le premier Darius. La planète colonisée Darius se remet de son invasion par l'armée extraterrestre Belser grâce aux héros de ce jeu, Proco et Tiat. Les habitants de Darius se sont depuis installés sur la planète Olga tandis que les sociétés, l'architecture et les zones attaquées de Darius étaient en train d'être réparées. Le quartier général du vol spatial établi sur Olga capte un SOS venant de la Terre, d'où sont originaires les premiers colons de Darius. Le signal comprenait la description de navires extraterrestres similaires à ceux de l'armée Belser. Sachant qu'il s'agit de leurs ancêtres terriens, les habitants de Darius envoient Proco Jr. et Tiat Young pour les aider.
