L'histoire se déroule sept ans avant le scénario de Final Fantasy VII? Le monde est alors sous l'influence de la Compagnie Shinra qui détient toutes les ressources énergétiques Mako et exerce une autorité militaire sans précédent. Son armée est entre autres composée de combattants hors pair aux capacités exceptionnelles rassemblés sous la tutelle du SOLDAT. Les premières classes, élites du SOLDAT, sont des icônes de la Shinra que les foules respectent et admirent. L'intrigue débute vraiment lorsque Zack, jeune deuxième classe du SOLDAT accompagné de son mentor Angeal et du célèbre première classe Séphiroth sont déployés à Wutai afin de mettre fin à la guerre dans cette région déjà meurtrie et, par la même occasion, enquêter sur les mystérieuses disparitions de nombreux membres du SOLDAT qui étaient sous les ordres du première classe Génésis. Mais nul ne se doute encore que cette mission marquera un tournant décisif dans le destin tragique de Zack?