Cotton: Fantastic Night Dreams est un shoot'em up. Ce qui distingue Cotton: Fantastic Night Dreams des autres jeux du même genre, c'est son graphisme coloré et brillant et son personnage principal, Cotton. Le jeu se déroule également dans un monde fantastique et fantasmatique au lieu de prendre part dans l'espace comme dans beaucoup d'autres jeux de tir. Le jeu peut être comparé à d'autres jeux fantastiques de Shoot'em up comme Parodius. Le joueur contrôle Cotton, une jeune sorcière sur un manche à balai. Le joueur doit détruire différents monstres et éviter de se faire tirer dessus. Le joueur peut collecter des bonus pour améliorer son armement et déclencher une attaque plus puissante contre l'ennemi. Le joueur a des vies représentées par une flèche. Le joueur a trois vies et n'a droit qu'à un hit par vie.
