Cotton Boomerang est en quelque sorte une édition étendue de Cotton 2, avec des niveaux et des ennemis remixés. Les seules véritables différences se situent au niveau des mécanismes de jeu, qui visent à rendre le jeu plus orienté vers l'action en supprimant la barre de santé et les restrictions liées à l'amélioration des armes. Maintenant que la barre de santé a disparu, vous pouvez choisir 3 personnages différents parmi un groupe de 8 qui jouent le rôle de « vies », mais chacun d'entre eux possède des schémas de tir et des capacités distinctes qui améliorent le gameplay. De plus, vous pouvez passer d'un personnage à l'autre à volonté (tant qu'ils sont en vie). Le jeu comprend également une galerie d'art avec Cotton 2 et Cotton Boomerang, des modes de difficulté supplémentaires et des options de configuration de la manette.
