Embarquez pour une aventure à travers le temps qui vous entraîne au gré de l'histoire dans le présent, le moyen âge, le futur, la préhistoire, et l'antiquité ! Vivez une aventure sans pareille à travers les âges aux côtés de nombreux compagnons pour sauver la planète ! Le jeune héros, Chrono, fait par hasard la connaissance de la charmante Marle lors de la foire du millénaire de la fondation du royaume de Gardia, sur la place de Lynne. Ayant décidé d'essayer les différentes attractions de la foire, les deux personnages assistent à une démonstration du téléporteur inventé par Lucca, l'amie d'enfance de Chrono. Malheureusement, le téléporteur se dérègle et Marle qui avait accepté par curiosité de servir de cobaye, disparaît, aspirée par une distorsion dimensionnelle. Saisissant le pendentif perdu à cette occasion par la jeune fille, Chrono se lance courageusement dans la distorsion pour la secourir. Mais le monde dans lequel il arrive est celui d'il y a quatre cents ans.