L'empereur galactique Zemu conquiert une planète après l'autre, prévoyant d'étendre son empire jusqu'aux limites connues de la galaxie. La raison de son succès, ce sont les énormes robots qui combattent dans ses armées, développés grâce à la technologie de la scientifique de génie, le Dr Lulu. Mais le docteur comprend elle-même que ses inventions ont causé la misère et la destruction d'autres nations. Elle s'enfuit, emportant avec elle les plans de conception des robots géants. Elle arrive sur la Terre (le Japon, pour être exact) peu après la Seconde Guerre mondiale, et avec l'aide de scientifiques locaux, développe un puissant robot, qui seul peut protéger la Terre des attaques de Zemu : Super God Trooper Zeroigar ! Zeroigar est le seul jeu de tir pour le système PC-FX, poursuivant l'héritage des jeux de tir à défilement vertical de l'ère PC Engine (TurboGrafx).
