Chou Jikuu Yousai Macross 2036 est un shoot'em up à défilement horizontal se déroulant dans l'univers de Macross II. 26 ans après la fin de la Première Guerre Spatiale la faction Zentradi, assoiffée de revanche contre la Terre, rassemble une armée. Les Terriens se préparent aux combats pour les stopper aidés de leurs chasseurs VF-1SR Valkyrie.