Bomberman 64 Arcade Edition s'inspire davantage des titres Bomberman sur SNES et est entièrement en 2D, sans aucun graphisme en 3D. Le mode principal « Bomberman Mode » propose le gameplay standard de Bomberman, mais offre également plusieurs sorties par salle, et donc des chemins divergents. Le mode multijoueur propose également le « Tandem Mode », dans lequel deux joueurs travaillent ensemble. Jusqu'à quatre joueurs peuvent jouer en mode multijoueur.