Blue Forest Story se déroule dans un univers médiéval fantastique, contrôlé par le puissant Empire. Il y a en fait deux histoires dans le jeu, mettant en vedette deux personnages différents, qui vivent dans des provinces différentes de l'Empire. Le garçon Wallace mène une vie paisible avec sa famille dans un village tranquille ; la fille Rakjit, témoin de la persécution et de la mort de sa mère, rejoint un mouvement de résistance spécialisé dans la magie. Les chemins des deux jeunes mèneront finalement au même but - la libération du monde.
