Dans un monde où les anges, les démons et l'humanité sont en perpétuel combat, Black Matrix 00 se concentre sur un jeune homme à la recherche de son ami d'enfance kidnappé. Black Matrix 00 commence par l'adoption d'un homme muet par une femme qui le soigne à la suite d'une expérience traumatisante. Cela diffère d'une romance style "Harlequin" de plusieurs manières. Il y a la question de l'homme aux ailes blanches et de la femme aux ailes noires: dans ce monde, les personnes aux ailes noires dominent.
