Le jeu commence avec le joueur qui prend le contrôle de Beetlejuice alors qu'il essaie de se débarrasser de tous les fantômes qu'il a invités dans la maison de Lydia Deetz (où il vit avec sa mère et son père). En utilisant la magie bio-exorciste, les joueurs doivent vaincre les morts-vivants à travers le cimetière et même à l'intérieur du Neitherworld. Les joueurs peuvent également chevaucher un chariot de mine et un serpent Pogosnake (qui fonctionne de manière similaire à Yoshi de Super Mario World). Le thème du jeu est assez sombre (exploration du royaume des fantômes).
