En l'an 2525, l'espace est à nouveau menacé. Seul le légendaire Super Jet Plane SYD peut vaincre l'armada envahissante et détruire le Fulvalence Groma. Alpha Mission II est un jeu de tir à défilement vertical descendant et la suite d'Alpha Mission. Lorsque le jeu commence, le joueur choisit deux armures pour son SYD, et des armures supplémentaires peuvent être achetées à la fin de chaque niveau. Les armures ajoutent une puissance de feu supplémentaire au vaisseau lorsqu'elles sont équipées et seront détruites si le vaisseau est touché. Les armes principales du SYD sont un laser direct et des bombes, ells peuvent être améliorées à partir d'icônes larguées par certains ennemis. Comme dans Xevious, les cibles terrestres ne peuvent être touchées que par des bombes, tandis que les cibles aériennes ne peuvent être touchées que par des lasers.
