Dans Alone in the Dark 2, vous incarnez le détective Edward Carnby. Carnby doit maintenant enquêter sur un trafiquant d'alcool nommé One Eyed Jack qui aurait kidnappé la jeune Grace Saunders. Son partenaire Ted Stryker tente d'infiltrer le manoir délabré de Jack à Hell's Kitchen et de sauver la jeune fille, et disparaît. Carnby apprend bientôt que Jack et ses gangsters sont en réalité des pirates du XVe siècle qui ont acquis l'immortalité après que Jack se soit allié à Elizabeth Jarret, une sorcière vaudou. Cependant, la magie noire qui leur permet de rester immortels oblige Jack et son équipage à procéder régulièrement à des sacrifices humains. Carnby doit maintenant se frayer un chemin à travers Hell's Kitchen pour trouver un moyen de briser le sort. Les graphismes du jeu sont hybrides 2D-3D. Vous devez résoudre de nombreuses énigmes tout en combattant des pirates zombies avec vos armes ou par la ruse.