Une invasion alien a débuté et diverses attaques contre des points stratégiques ont été menées. La base Aero Fighters a été sévèrement touchée et ses avions modernes se sont montrés totalement inefficaces. Curieusement, les vieux avions de la Seconde Guerre mondiale sont à même de leur causer des dégats. Il va donc falloir reprendre ces vénérables combattants du ciel et anéantir ces hordes d'aliens ! Ce scénario clairement tiré par les cheveux permet d'offrir une suite à Aero Fighters 2 tout en imitant le Strikers 1945 de Psikyô.
