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L'histoire de 12Riven se déroule le 20 mai 2012, avec Renmaru Miyabidō se dirigeant rapidement vers le bâtiment abandonné d'Integral après avoir reçu un message indiquant que Myū, un vieil ami à lui, mourrait au le plus haut niveau du bâtiment aujourd'hui à midi. Arrivé sur place, il vérifie sa montre et constate qu'il est 11h24. Ailleurs, Narumi Mishima est sur sa moto en direction du même endroit. Elle a reçu une demande d'un ami lui demandant d'aider à sauver une fille nommée "Myū" chez Integral. Narumi doit sauver Myū pour empêcher l'exécution du «plan de la deuxième éclipse». Narumi n'a jamais entendu parler de cette phrase auparavant, de plus, le message a été envoyé avec le marquage "XXX Lv6". Il s'agissait d'une échelle d'évaluation de la gravité d'une situation et une note de niveau 6 n'a jamais été utilisée.
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